Федерацией и отдаленными системами Республики привел к блокаде небольшой планеты Набу. Канцлер Галактической Республики Финис Валорум тайно отправляет двух рыцарей-джедаев Куай-Гона Джинна и его падавана Оби-Вана Кеноби в качестве послов на флагман Торговой федерации, «Саак'ак», с заданием встреться с вице-королем Нутом Ганреем, чтобы уладить конфликт. Но они не знают, что Торговая Федерация подчиняется таинственному Дарту Сидиусу, который приказывает Ганрею вторгнуться на Набу, а двух джедаев убить по их прибытии. Республиканский корабль «Радиант VII» уничтожен, но Куай-Гон и Оби-Ван спасаются от смерти и попадают на поверхность Набу, спрятавшись в десантном корабле С-9979.
На поверхности планеты джедаи встречают местного жителя-изгоя, Джа-Джа Бинкса, который приводит их в подводное поселение гунганов Ото Гунга, пытаясь скрыться от войск Торговой Федерации. В это время войска Торговой Федерации высаживаются на Набу и берут в плен лидера планеты, королеву Амидалу. Джедаи встречают лидера гунганов, Босса Насса, и просят его помочь людям Набу, однако Насс отказывается, но предлагает им субмарину. Джедаи вместе с Джар-Джаром Бинксом добираются до Тида, столицы Набу, и спасают королеву Амидалу от дроидов Торговой Федерации. Они крадут из доков королевский корабль, чтобы попытаться добраться до Корусанта, столицы Галактической Республики, чтобы попросить помощи у Сената. Дроид R2-D2 героически чинит корабль королевы, попавший под обстрел боевых кораблей Торговой Федерации во время побега.
Из-за серьезного повреждения корабль вынужден приземлиться на отдаленной пустынной планете Татуин для починки. Во время поисков нужных запчастей, они встречаются с молодым Энакином Скайуокером, мальчиком-рабом, владельцем которого является тойдарианец Уотто, местный торговец подержанной техникой.
Энакин — одаренный пилот и механик (он в одиночку собрал дроида C-3PO и свой гоночный под). Куай-Гон чувствует в нем мощное присутствие Силы, и приходит к выводу, что мальчик — Избранный, который должен исполнить пророчество, принеся равновесие в Силу. Уровень мидихлориан в его крови больше чем у магистра Йоды. Энакин, желая помочь своим новым друзьям, участвует в гонке на подах. Во время гонки таскены подстреливают несколько подов(в одном кадре появляется так же охотница за головами - Орра Синг). Мальчик побеждает. Куай-Гон заключает пари с Уотто, поставив корабль королевы Амидалы против свободы мальчика (Уотто отказался освободить сразу и мальчика, и его мать Шми Скайуокер). Энакин побеждает в гонке и присоединяется к команде на их пути к Корусанту, где Куай-Гон планирует представить его Совету джедаев. Дарт Сидиус посылает своего ученика, Дарта Мола, чтобы тот убил джедаев и взял в плен королеву. Мол появляется как раз тогда, когда команда покидает планету, и вступает в короткую схватку с Куай-Гоном, который отступает и улетает на корабле.
На Корусанте Квай-Гон сообщает Совету джедаев о своем сражении с таинственным воином на Татуине. Совет предполагает, что мастерство боя на световых мечах показывает, что это сит, член давно исчезнувшего ордена, который следовал темной стороне Силы. Куай-Гон также сообщает об Энакине, надеясь, что мальчика примут в ученики, чтобы сделать из него джедая. После тестирования мальчика и совещания Совет отказывает в обучении, объясняя это тем, что согласно Кодексу джедаев Энакин слишком взрослый. Их также беспокоит слишком неясное будущее мальчика и сильный страх в нем. В это время сенатор Палпатин использует королеву Амидалу, чтобы вынести вотум недоверия Верховному канцлеру Валоруму. Новым канцлером намерен стать сам Палпатин. После исполнения просьбы Палпатина королева решает вернуться на свою родную планету, чтобы помочь своему народу, так как Сенат, погрязший в бюрократии и коррупции, примет нужное решение слишком поздно. Квай-Гон и Оби-Ван сопровождают Амидалу на Набу.
Королева Амидала возвращается на Набу и просит помощи в битве против Торговой Федерации у гунганов. После жестокого сражения поражение гунганов кажется неизбежным.
Тем не менее, победу приносит Энакин Скайуокер, случайно оказавшийся в кабине истребителя и уничтоживший станцию управления Федерации, превратив армию дроидов в кучу металлолома. В это время королева Амидала и ее солдаты пробиваются сквозь дворец и берут в плен Нута Ганрея. В это же время Куай-Гон и Оби-Ван оказываются втянутыми в сражение с Дартом Молом. Мол убивает Куай-Гона. Оби-Ван в ярости атакует Дарта Мола, но тот скидывает его в пропасть. Оби-Ван успевает схватиться за выступ в стене. Дарт Мол наслаждается своим превосходством и хочет добить Оби-Вана. Но Оби-Ван, используя Силу, выпрыгивает из пропасти, хватает меч своего учителя и перерубает Мола пополам.
Перед смертью Куай-Гон просит Оби-Вана стать учителем Энакина. Оби-Ван дает ему слово, что сделает из мальчика джедая. Новоизбранный канцлер Палпатин прибывает на Набу, чтобы поздравить королеву Амидалу с ее победой, а Нут Ганрей отправляется отбывать наказание за свои преступления.
Совет джедаев присваивает Оби-Вану ранг рыцаря-джедая. Кеноби говорит гранд-мастеру Ордена джедаев Йоде, чтобы обещал своему учителю обучать Энакина Скайуокера, Йоде от лица совета дает разрешение. Куай-Гона кремируют. Мастера-джедаи Мейс Винду и Йода соглашаются, что в его смерти повинен воин-сит, а значит, древние враги джедаев возвращаются.
Фильм заканчивается большим праздником в честь освобождения Набу от Торговой Федерации. Королева Амидала передает подарок Босс Нассу в знак дружбы и уважения.
